En distintas fuentes biográficas se le hace nacido en Garaballa o Laguna del Marquesado, pero últimamente se le vincula a Salinas del Manzano. En cualquier caso, se trata de un punto situado en el marquesado de Moya. Se desconoce cualquier dato sobre su etapa juvenil y de formación hasta que ya adulto aparece en Madrid, con un empleo indefinido, pero que compaginó con la asistencia a clases de materias científicas en el Colegio Imperial de los jesuitas, en el que asistió a clases de Matemáticas y donde conoció al rector, Bartolomé Alcázar, que seguramente para entonces ya había recibido el encargo de obispo Antonio Alonso San Martín de escribir una biografía de San Julián.

Ordenado sacerdote en el tramo final del siglo XVII, ejerció como párroco en Olmeda de la Cuesta, Villarejo del Espartal y Fuentesbuenas, todos ellos pueblos situados en la zona alcarreña de Cuenca, entre 1687 y 1725, en los que su figura, la de un sacerdote ilustrado y preocupado por los temas científicos, debió causar alguna sorpresa entre sus convecinos, porque según todos los indicios, acertó a combinar la dedicación pastoral con el cultivo de las ciencias aplicadas. Su nombre aparece relacionado con diversas empresas como la adaptación al gusto barroco de la iglesia de Olmeda de la Cuesta o la aportación de medidas de salubridad para mejorar el problema de las aguas estancadas en las inmediaciones de la Casa de la Moneda en Cuenca. Todo ese sugerente mundo de preocupaciones e intereses se concretó en un libro que es conocido habitualmente como El curioso arquitecto, que resumen un título mucho más complejo: Curiosidades útiles. Arithmética, Geometría y Architectónica, o sea, la regla de oro aritmética; el buen zelo, tratado geométrico y el curioso architecto o cartilla de architectura (Madrid, 1616, reimpreso en Madrid, 1719). Larrañaga le llama «curioso trabajo de cosmografía» aunque realmente es una especie de cartilla didáctica estructura en tres bloques, uno por cada una de las materias señaladas en el título con el objetivo de iniciar a sus lectores en el aprendizaje de esas materias así como ofrecerles consejos útiles para aplicarlas en la vida práctica. Marino Poves, que ha estudiado el contenido de la obra desde el punto de vista pedagógico, destaca el trabajo de Ferrer Pertusa para documentarse sobre las materias que expone y que había comenzado a estudiar con los profesores europeos Kresa y Pettrey durante su estancia en el Colegio Imperial, a cuyas enseñanzas añade, a la hora de redactar las cartillas, al experto Antonio Palomino, pintor de cámara y autor de los grabados de la biografía de san Julián y a Teodoro Ardeman, también pintor y matemático, junto con otros ilustres profesores como José de Zaragoza y Vilanova y el padre José Casinbi, influencias que trascienden del inicial propósito de dar a la imprenta unas modestas cartillas informativa.

Una copia de este manuscrito fue regalada por el propio Ferrer al cabildo de la catedral de Cuenca en 1716. Realizó también una Chorographia del obispado de Cuenca, que aparece al final de la Vida, virtudes y milagros de San Julián, del padre Bartolomé Alcázar (Madrid, 1692), grabado por Fesman y Medina, que tiene indudable valor informativo aunque, como señala López Requena, se trata de una plasmación sólo aproximada de cómo era el territorio del obispado de Cuenca en aquella época.

Referencias: Mateo López, Memorias históricas de Cuenca y su obispado. Edición de Ángel González Palencia. II) Cuenca, 1954, p. 199 / Jesús López Requena, Cartografía histórica de la provincia de Cuenca; Cuenca, 2014, Olcades.