Organista titular en el cabildo de la catedral de Cuenca, puesto en el que sustituyó al polémico José Ramón Brisquet, tras obtenerlo en las correspondientes oposiciones, tomando posesión el 10 de marzo de 1856. Era clérigo tonsurado y viudo, organista de la parroquia de Santa Catalina Mártir, en la ciudad de Valencia, según consta en la documentación enviada para acceder al puesto. Un mes más tarde recibió licencia para trasladarse a Segorbe con el objeto de ordenarse de grados y subdiácono, cuestión que fue ampliada en septiembre, en este caso para ordenarse de sacerdote y cantar su primera misa en Valencia, relación de intimidad con la capital levantina que se mantendrá, acentuada, a lo largo de toda su estancia teórica en Cuenca y que obligó al cabildo, tras conceder una licencia el 5 de febrero de 1838, acordar un mes después concederle una nueva pero ahora ya “improrrogable”, situación que Caballero sorteará hábilmente pues, en adelante, primero pide permiso al obispo (que siempre se lo concede) y a continuación lo comunica al cabildo. En septiembre de 1859 volvió a abandonar Cuenca, pero ahora para ir a opositar a la catedral de Sevilla y, en efecto, el 2 de marzo de 1860 fue nombrado de manera efectiva para cubrir ese puesto que mantuvo hasta 1863 en que se trasladó a Covadonga. Como recuerdo del paso de Caballero por la catedral de Cuenca se conservan tres obras suyas: Missa a 4 y 8, con violines, oboes, trompas y acompañamiento continuo y obligado de órgano, dedicado al glorioso San Julián, en re mayor (1858); Missa a 4 vodes. Para los dolores de la Virgen (1857, dedicada al cabildo); Miserere a 3, en mi bemol mayor (sin fecha).

Referencias: Fernando J. Cabañas Alamán, “La estancia en Cuenca del organista Manuel María Caballero (1855-1860)”. Madrid, Revista de Musicología, vol. XIV, núms. 1-2, enero-septiembre 1991, pp. 583-595.